Musiikkiterapian on tutkitusti havaittu soveltuvan neurologiseen kuntoutukseen. Kyseessä voi olla esimerkiksi aivovamman tai aivoverenkiertohäiriöiden jälkeinen hoito, jossa asiakas huomioidaan kokonaisvaltaisesti. Terapian keskiössä on niin kehollinen motoriikan kuntoutus, kuin myös mielen hyvinvointi ja psyykkinen terveys.

Terapiassa voidaan hyödyntää toiminnallisia menetelmiä, kuten yhdessä soittamista. Musiikin kuunteluun perustuvilla menetelmillä puolestaan tuetaan kehon ja mielen rentoutumista, palautumista ja hyvinvointia. Musiikkiterapia on usein koettu mielekkääksi kuntoutusmuodoksi muuttuneessa elämäntilanteessa. Se sopii hyvin myös muiden tuki- ja terapiamuotojen rinnalle täydentämään asiakkaan hoitoa. Myös kuntoutuvan henkilön läheiset voivat hyötyä musiikkiterapiasta omien tunteiden käsittelyn ja jaksamisen edistämiseksi.